Kujawski Region Ornitologiczny powstał w 2019 roku. Granice regionu wyznaczyły po części granice istniejących już regionów ornitologicznych (w Wielkopolsce, na Pomorzu oraz na Warmii i Mazurach). Pozostałe granice wytyczono w oparciu o granice regionu utworzonego na potrzeby Kartoteki Rzadkich Ptaków. Osoby tworzące region w momencie jego aktywacji to członkowie Bydgoskiej Grupy OTOP "BEWIK".